phpNuke verfügt über eine Benutzerverwaltung und ein spezielles Artikelsystem, über das aktuelle Nachrichten erstellt werden können. Zusätzlich kann phpNuke über eine ganze Reihe verschiedener Module erweitert werden, zum Beispiel zur Verwaltung von Werbebannern, Kontaktformularen zur Kommunikation mit den Besuchern der Webseite oder zur Bearbeitung katalogisierter Downloads. Auch kann man Module zur Erstellung von Umfragen verwenden, eine Suche im gesamten System implementieren und es den Usern ermöglichen, ihre eigenen Weblogs zu erstellen.
Zur Förderung der Interaktion mit den Besuchern der Webseite ermöglicht phpNuke desweiteren das Vorschlagen bestimmter Artikel, das Einrichten von Umfragen, die Versendung von Mitteilungen innerhalb der registrierten Nutzer sowie das Aufrufen bestimmter Statistiken. Weiter verfügt das System über zahlreiche Kommentierungs- und Bewertungsfunktionen, besitzt einen eigenen Editor und kann an die jeweilige Landessprache angepasst werden.
Kritiker behaupten, phpNuke sei im Sicherheitsbereich wenig ausgereift und hätte zahlreiche Fehler, die auch bei Versions-Updates nicht behoben worden seien. Tatsache ist, dass alleine 2005 zirka zehn Sicherheitsrisiken bekannt wurden, die von der Nuke-Gemeinde selbst durch speziell entwickelte Systeme umgangen und vermieden wurden. Es sei aber für einfache Webmaster oft viel zu kompliziert, diese Sicherheits-Module auf ihre Seite einzuspielen. Es wird deshalb befürchtet, dass viele mit phpNuke erstellte Internetseiten leichte Opfer von Hackerangriffen sind.